生物信息智能分析平台

商品详情

商品亮点

• （1）分布式调度体系；（2）多重权限管理；（3）高效标准；（4）转录组、外显子

商品说明

版本: V1.0	交付方式: 人工服务
适用于: Linux	上架日期: 2019-09-12
交付SLA: 20 自然日

海云基因云计算平台系统GeneApps 是一种利用云计算及大数据处理技术组成的生信分析系统，由基因组、外显子组、转录组、环境微生物和表观遗传学等模块组成，具备上百个数据分析功能Task簇，可以提供各种基因分析服务。平台已设计数十条自动化分析流程，充分满足用户标准分析，此外，还可以根据用户的需求个性化的选取添加所需Task，实现完美的定制化分析流程服务。
Geneapps基因云平台依托强大的研发实力、广泛的市场应用和技术理解，以客户需求为导向，为医疗领域新一代云计算数据中心基础架构提供一体化的云计算平台解决方案，帮助用户实现快速、可靠的虚拟化数据中心和云业务应用部署。
1．Geneapps基因云解决方案的组件
Geneapps基因云计算解决方案面向于私有云PaaS+SaaS平台，主要包含四个部分：生物分析云计算系统、大数据存储管理系统，实验室流程管理系统、健康评估管理系统。
①　生物分析云计算系统
现有的企业计算环境通常是x64平台，Geneapps基因云平台可以通过服务器的虚拟化进行计算资源的整合与灵活利用，进行服务器计算资源的整合、动态调整、迁移、分配及监控。在合理分配计算资源的同时，内置了生物分析领域的120多种标准的分析算法及常规的分析流程、物种数据库等工具，同时支持分析算法以及分析流程编排的开发平台。Geneapps基因云的生物分析云计算系统通过自动化的管理平台和手段，帮助用户实现对云硬件资源和业务流程的快速部署与自动化维护和管理。
②　大数据存储管理系统
实现PaaS的一个重要组成部分是云存储，一个云计算的基础设施要服务于很多个不同的业务系统或者应用，每个业务系统或应用都会有不同的存储需求Geneapps基因云平台可以通过存储虚拟化管理，进行存储需求的整合，灵活的容量控制。Geneapps基因云计算解决方案中的存储组件提供了经济实惠的企业功能，并具有全面的功能集，简化了对所有位置的集中管理，是具有各种虚拟服务器、客户端虚拟化、数据库、电子邮件和业务应用程序的环境的理想选择。存储组件中集成了各种出色的应用程序可用性和灾难恢复功能，在任何情况下都可进行自动故障转移/故障恢复，并针对虚拟化环境进行了优化，并为用户和应用程序提供了即时满足需求的连续数据可用性。
③　实验室流程管理系统
Geneapps基因云的实验室管理系统主要为实验室流程管理提供支撑服务，具有样本管理、工单管理、设备管理以及耗材管理，从而实现整个基因测序从采样到分析可以做到自动流程流转、样本、试剂等可以追溯。
④　健康评估管理系统
Geneapps基因云的健康评估管理系统是在生物分析的基础上，利用评估引擎结合知识库对生物分析的结果进行二次分析，同时提供医生、患者档案管理交流沟通以及报告解读工具支撑，从而为患者提供更加精准、丰富的报告。
⑤　基础云计算系统
该系统包括的功能模块有：项目管理、任务管理、数据管理、pipeline管理、pipe管理、docker管理、物种管理、Blast管理。
⑥　项目管理
项目管理是每个项目发起人对新建的课题所需要进行的所有研究过程进行跟踪的一个过程。项目管理还分为全部项目、我参与的项目和我观看的项目，然用户对项目的参与程度一目了然。每个项目包括：项目基本信息、实验、样本、样本数据、样本匹配、相关附件和实验分析。
(1)项目基本信息：主要包括项目名称、项目描述、项目成员的增删改和权限配置。
(2)实验： 项目组的成员可以在每个项目中新建多个实验，实验包括实验名称、数据类型，可增删改。
(3)样本：用于标记每个样本数据，方便后续的数据分析。样本包括样本名、组名，可增删改。
(4)样本数据：用于保存待分析使用的样本数据，可批量上传、下载、删除。
(5)样本匹配：将上传的样本数据与设置好的样本名进行一一对应。
(6)相关附件：用户可将项目相关的文档等上传到相关附件中，供项目成员查看和下载。
(7)实验分析：一个项目下可以创建多个实验分析，每个实验分析都可由多个成员共同完成。每个分析在创建的时候必须选定一种物种类型和所需要使用的数据库类型。实验分析是可以反复使用的，用户可任意的拖拽pipe进入画布，然后将pipe进行连线、参数配置和运行。每个pipe会显示运行进度和状态。用户只要配置好后可一键运行，最后直接查看运行结果即可。实验分析包括后续要介绍的pipe和pipeline。
⑦　任务管理
任务管理主要是对所有实验分析的汇总，每个用户创建的实验均在任务管理模块，可通过用户名、分析名称等字段进行查找。每个实验分析的详情都可查看到该分析的结果数据、进程监控和结果报告，提供数据和报告的下载和删除。任务管理同项目管理的分类，也分为全部任务、我参与的任务和我观看的任务。
⑧　数据管理
数据管理主要指基因数据和分析模板的云存储，分为我的数据和我的pipeline两类。海云基因技术系统根据基因数据文件的特点专门设计符合大文件传输的协议，解决数据文件传输和保存问题。我的数据方便用户管理自己的样本数据、实验数据和共享公共数据。我的pipeline提供用户定制自己需要的pipeline，可私有可共享，方便用户做实验分析时灵活调用。
⑨　pipeline管理
目前海云提供的公共pipeline有五类：全基因组测序、外显子测序、转录组测序、遗传病pannel定制分析测序、致病性预测。用户可根据系统提供的公共分析流来进行定制化分析，也可以根据自己分析的需求定制适合自己的pipeline。Pipeline的管理包括公共pipeline的发布与私有pipeline公开化审核。
⑩　pipe管理
pipe管理主要指pipe的配置。每个pipe里面包含n条命令，每条命令又包含n个参数。就是这n条命令和参数的构成了一个pipe，每个pipe按照一定的顺序连接起来就构成了一个pipeline。目前海云研发团队研发的pipe数量达120个。
⑪　docker管理
docker是支撑pipe运行的基础，用户可根据自己的需要将研发好的docker上传，然后在pipe配置的时候调用自己上传的docker即可。
每个docker可以被反复使用，可升级版本。
⑫　物种管理
物种管理是用来存储实验所需要用到的全部物种数据的。每个物种包含的信息有：物种编号、物种简称、中文名、俗名、拉丁名、有无mirna、有无rrna。每个物种又包含多个版本，每个版本包含的信息有：版本名、发布年份、染色体序列文件、gffGene文件、gff repeat文件、refSeq NC文件、refseqAIIIsoRNA文件、refseqOneIsoRNA文件。
⑬　用户管理
用户管理功能可以帮助系统管理员对所有需要使用平台的员工进行信息录入、角色权限分配及操作记录查看，包括账号的停用。
⑭　权限管理
不同的员工需要在系统中拥有不同的权限，系统提供权限定制化功能。后台可以根据需要配置各种权限，以满足不同工作需求的员工，也方便对员工的管理。

商品定价

规格	SKU名称	数量值	单价
生物信息智能分析平台GENEAPPS	/	/	500,000.00元/次

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服务支持

使用指南 OceanCloud生物信息云计算分析平台4.0 用户手册.pdf 下载 平台支持范围

售后服务时间：5 * 8小时                    
售后服务内容：
1.售后服务承诺详细条款
1.1.保修服务承诺
1)质保期内：
海云基因（全称“海云惠基因科技有限公司”，后面简称“海云基因”）本着“用户至上”的原则，视“客户满意”为最终目标，基于以上的理念，我们承诺：
质保期内如发现产品存在质量问题，由海云基因负责解决并承担有关费用。
产品保修时限：保修期为产品交付后第二日起的24个月（2年）；
远程支持服务：提供热线电话支持服务，1小时内响应客户需求，1个工作日内排除故障负责提供技术问题的解答和技术指导； 
现场服务：提供现场调测服务，4小时内响应客户需求，2个工作日内排除故障，为客户提供现场调测服务。 
季度报告服务：每季度向招标方或最终用户提供服务的相关统计报告。内容包括：设备的整体运行情况、设备的故障分析及改进措施、服务的整体情况、下一步的工作计划及建议。
2)质保期外售后服务承诺：
提供终生有偿服务在保修期外，提供有偿维修服务，收取费用为零部件工本费，不高于本次投标部件价格。
定期进行用户回访，及时处理用户意见。
1.2.维护服务流程
根据在系统运行维护中遇到的技术问题所划分的等级，海云基因制定了不同的服务流程，当因设备或系统故障或紧急问题需要海云基因提供技术支持时，海云基因将根据不同的故障级别启动不同的服务流程。远程诊断问题级别较低故障，若无法排除则归为高级问题级别，进入故障排除流程。同时，填写故障技术报告进行记录，以便日后双方归档。  
级别定义：
(1)普通问题级 
其具体现象为：硬件技术功能、安装或调试咨询，或其他显然不影响业务的正常开展。 
(2)严重问题级  
其具体现象为：出现部分部件轻微失效、功能下降但能正常运行，不影响正常业务运作。   
(3)紧急问题级  
其具体现象为：出现部件严重失效，功能丧失，业务不能正常开展。
1.3.故障排除流程
1)服务内容：
故障排除服务不像日常监控一样有基本固定的工作周期与范围，也不像软件改造开发、页面设计制作、系统升级一样有确定的需求，它可能存在于维护服务的各个层面。只要是运营、运行中的任何非正常情况，均属于故障排除服务的范围之内。
2)服务质量监控
在所有服务实施过程中，售后服务工程师均需如实填写详细服务记录，并由客户签署意见后，提交公司备案。
公司客户服务部会定期回访，调查客户对服务工程师的满意度，对各类服务的实施情况进行确认，了解设备运行维护情况。
收到用户关于服务质量的投诉，在2日内向被投诉工程师核实投诉情况。所有投诉，均在5日内，做出正式答复。
3)日常监控记录
按照设定的监控时间，分段记录硬件设备运行情况，进行异常状况分析，及备案解决情况。
4)故障报告
记录与故障有关详细情况，包括：故障提交人、部门或公司、故障现象、解决方案等。
 服务邮箱：caochunsun@oceangene.com

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电话: 13971357915

邮箱: duqiankun@oceangene.com